Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (S2) yang dikembangkan di Institut Agama Islam (IAIN) Palopo saat ini, pada awalnya merupakan salah satu konsentrasi dari Program Studi Pendidikan Islam berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 161 tahun 2012 tentang izin Penyelenggaraan Program Pascasarjana (S2) pada Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Palopo. Dalam Perkembangan selanjutnya, berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor Dj.I/1142/2015, tanggal 25 Februari 2015, tentang izin pendirian prodi Manajemen Pendididikan Islam dengan gelar M.Pd. dan sampai saat ini telah meluluskan belasan angkatan dengan tepat waktu yang rata-rata alumninya sudah bekerja atau diterima di berbagai lembaga penelitian.